TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究应用的全谱！

2006年，肠胃乳癌基因序列左图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形性粘液母细胞结节（GBM）、肺点状细胞肠胃癌（LUSC）和卵巢氯化钙性囊腺肠胃癌（OV）开始为期3年的体制改革项目，2009年~2015年新一轮一触即发。到项目截止，TCGA网络研究者工不作者已描绘了33种肠胃乳癌多种类型10,000余由此可知伤寒症的小分子构造，并界定了很多小分子亚型。TCGA还包括的伤寒理关键构造代注记角度看的统计资料数据搜罗。为必即可仍要确运用于这些颇具基因序列构造的海量伤寒理统计资料数据，除此以除此以外TCGA完成一批重大成果，发注记在CellPress大中华区的期刊。

本文对4月末5日发注记Cell上的一文顺利完成载入。文章阐述以OS（总存活期）、PFI（无重大突破近隔）、DFI（无伤寒近隔）和DSS（营养不良相关存活）为四个主要伤寒理结果起始站的TCGA泛肠胃乳癌伤寒理统计资料数据天然资源（TCGA-CDR）准则化统计资料检索，并说明了了每种肠胃乳癌多种类型的起始站运用于建言。TCGA伤寒理统计资料数据可从基因序列统计资料数据共计享空近（GDC）门户网站下载，所有的小分子统计资料数据在下载。伤寒理统计资料数据和小分子统计资料数据运用于同样的条码内部结构，便于伤寒症的伤寒理详细资料和抽样小分子统计资料数据构建。

TCGA泛肠胃癌统计资料检索队列构造

左图1A为伤寒理统计资料数据构建和系统性及4个主要伤寒理起始站衍生和研究的示意左图,对33份初始登记和97份后续统计资料数据文件，共计33种肠胃乳癌多种类型111,60由此可知肠胃乳癌伤寒症的详细资料顺利完成了处理事件。注记1为每个TCGA队列的基本构造。按原发抽样根据小分子构造选入每个队列，毛发肠胃癌（SKCM）的原发和转回炊两种多种类型都有，其它极少数的原发与转回多种类型也有研究者。

左图1. 伤寒理统计资料数据构建和系统性及4个主要伤寒理起始站衍生和研究示意左图

注记1. TCGA 泛肠胃癌队列构造

伤寒理结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总存活期（OS）很最重要，优点是界定OS意外事件时模糊性略低于。但运用于OS不作起始站似乎削弱伤寒理研究者，因为非肠胃癌自杀身亡不一定能反映出遗传学、摧残性或对用药缓解。运用于OS或即可更长的随访时近；很多伤寒理试验中的，通常引入相对来说随访时近不长的DFI或PFI。针对现有TCGA伤寒理统计资料数据，要认识到短时伤寒理随访近隔在摧残性肠胃乳癌多种类型结果的最重要性，因为似乎几年内就推论到伤寒理意外事件，在死亡前已出现伤寒情患或重大突破。对摧残性不强的肠胃乳癌多种类型，伤寒症在数十乃至几十年后患，随访期近似乎无法推论足够意外事件以反对可靠结果供确实。该研究的目的是检查TCGA泛肠胃癌伤寒理监测的相对来说优势和缺乏，指导无论如何的研究和避免随访近隔时近缺乏等缺陷。

研究全部TCGA伤寒理统计资料数据后，推论如下：在统计资料数据可赢取时，OS、PFI及DFI相对来说精确，但多数情形只能估算DSS。左图1B为33种基本上相同肠胃乳癌多种类型的OS K-M弧线。尽管存活研究不是TCGA主要目标，多数肠胃乳癌多种类型存活弧线与即使如此研究相同存活起始站的单一研究者相仿，GBM、OV（2008, 2011）和低分级粘液结节（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好由此可知证。PFI、DFI和DSS的K-M弧线见左图1C–1E。

左图1 B-E伤寒理统计资料数据研究

基于每种肠胃乳癌多种类型4个起始站的推论时近数值平均值随访时近及意外事件或检查的中的位时近（注记2）。所有的中的位随访时近为22.1个月末，但基本上相同多种类型肠胃乳癌该时近反之亦然别非常大；GBM和急性髓系白血伤寒（LAML）最短约12个月末，而肾嫌色细胞肠胃癌（KICH）最长约48个月末。

注记2 总体中的位随访时近及4个起始站的意外事件与推论中的位时近

力荐运用于的伤寒理结果起始站

伤寒理结果起始站为了让取决于研究者目标、意外事件数量、队列大小和结果统计资料数据能量密度。将这些方法和开发的其它方法不作为对单个营养不良统计资料检索的飞行测试和可用检查，说明了在每种营养不良多种类型中的运用于每个结果起始站的建言及诱因（注记3）。每种肠胃乳癌多种类型的存活起始站必即可大概通过一个主要飞行测试和可用检查才被遵从。33种肠胃癌中的的13种运用于全部4个起始站：食道尿路上皮肠胃癌（BLCA）、宫颈点状细胞肠胃癌（CESC）、结肠肠胃癌（COAD）、食管肠胃癌（ESCA）、头颈部点状细胞肠胃癌（HNSC）、肾状细胞肠胃癌（KIRP）、肺腺肠胃癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肠胃癌（PAAD）、肉结节（SARC）、肠胃腺肠胃癌（STAD）和子宫内膜肠胃癌（UCEC）。相反，很难一个起始站的有嗜铬细胞结节和副神经节结节（PCPG）。肺部弥漫大B细胞化学疗法（DLBC）、LAML和胸腺结节（THYM）非常少一个起始站；剩余肠胃乳癌多种类型2或3个起始站，但其中的一些用者保留意见。最可靠的是PFI，可无保留地力荐给除LAML（无统计资料数据）、DLBC和KICH（果断运用于）和PCPG（不力荐）除此以外的4种。

注记3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的研究与力荐运用于

的飞行测试TCGA-CDR及案由此可知系统设计

在乳腺肠胃癌研究者中的，雌二醇ER阴性伤寒症伤寒理存活期临床表现比ER+伤寒症反之亦然。分别用OS、PFI、DFI和DSS相对这两类伤寒症的存活期（左图3A–3D；弧线截止于10年随访时近，但运用于整个统计资料检索顺利完成研究）。单状况研究推断，运用于PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）不作为伤寒理起始站，TCGA中的ER+乳腺肠胃癌伤寒症比ER-伤寒症有较好的存活期，但运用于OS时两类伤寒症近不依赖于反之亦然别(p = 0.097) 。此除此以外，两类伤寒症的DSS（p = 0.009）有微小反之亦然别，注记明DSS的潜在价值。以上发现证实了PFI和DFI是特定多种类型乳腺肠胃癌小分子研究者的合适起始站。

左图3 的飞行测试和系统设计实由此可知

此除此以外还的飞行测试了摧残性GBM存活结果起始站。TCGA中的GBM中的位OS为12.6个月末，介于在此之前报道的准则用药的12.1个月末和准则用药联合替莫唑胺的14.6个月末之近。中的位PFI是6.1个月末，介于在此之前报道的准则用药5个月末和准则用药联合替莫唑胺的6.9个月末之近。显然，TCGA统计资料检索OS和PFI意外事件时近与文献相一致。旋即可知OS和PFI不作为GBM小分子研究者的伤寒理起始站效度。

用Cox比由此可知似乎会重回三维已确定高期（III、IV期）相对来说低期（I、II期）肠胃乳癌伤寒症的似乎会比（HR），的飞行测试4个起始站的TCGA-CDR统计资料数据。由于DFI界定与其它结果的界定不相一致，对力荐运用于OS、PFI和DSS的14种多种类型肠胃乳癌相对logHR（注记3）。随后非常少对受限制Cox比由此可知似乎会也就是说的营养不良顺利完成统计资料（左图3E–3G）。结果注记明，14种多种类型肠胃乳癌中的，除近皮结节（MESO）、PAAD和葡萄膜肠胃癌（UVM）除此以外，高期对比低期HR在3个力荐起始站OS、PFI及DSS上微小偏高。引入配对抽样的Wilcoxon秩和检验，当运用于PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有微小反之亦然别，推断营养不良重大突破和存活起始站在HR上依赖于系统偏反之亦然；OS与DSS之近很难微小反之亦然别（p = 0.106）。对2个logHR值的准则误顺利完成逆计量值已确定Pearson正态分布， 由logHR估算的3种结果有极微小仍要相关：PFI和OS正态分布0.96（95%置信区近[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区近：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区近：0.61–0.98）。这些表征潜在反对伤寒理早期用PFI，后期用OS和DSS做到起始站。

除了构建小分子统计资料数据，还更进一步研究首次用药后无伤寒伤寒症与非无伤寒伤寒症是不是出现基本上相同的新意外事件。TCGA-CDR中的29类肠胃乳癌资讯用于应对该原因，扩及伤寒症从临床到完成首治并达到无伤寒状态大概存活3个月末。以LUSC为由此可知，有289由此可知无伤寒伤寒症和41由此可知曾一度非无伤寒伤寒症，NTE数万人共五21.8%和68.2%。用Cox比由此可知似乎会重回三维，发现在非无伤寒伤寒症中的NTE似乎会微小高于无伤寒伤寒症（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q值＜0.05）。在另除此以外21种肠胃乳癌多种类型中的也有基本上相同结果（注记4）。余下7种中的很难推论到这些反之亦然别。我们也在研究是不是每个三维都受限制比由此可知似乎会也就是说，其中的有两个不符合，必即可研究者时近依赖及多函数三维来寻找诱因。

注记4 非无伤寒与无伤寒伤寒症NTE发展对比

TCGA从全球数百个客运站搜罗伤寒由此可知，为应对伤寒理统计资料数据基本上相同客运站近的可比性，即可顾虑统计资料数据完整性、和伤寒症构造等。对每种营养不良而言，我们对比了前两名共计享伤寒由此可知数最多的组织来源客运站（TSS）与所有其它TSS的同种营养不良及4个结果起始站（注记5）。

注记5 对来自前两位TSS的每个肠胃乳癌多种类型研究者结果顺利完成相对

对于GBM等极颇具摧残性的，前两位TSS（#1和#2）的发伤寒老年人与其它TSS相对基本上相同的有OS、PFI和DSS，因意外事件太少根本无法研究不力荐DFI做到起始站。BRCA等较低摧残性，强力力荐运用于PFI和DFI，但建言果断用OS或DSS研究。TSS #1的伤寒理统计资料数据产生不太好的OS和DSS，但很难推论到PFI反之亦然别；另除此以外，微小上TSS#1有较好的DFI结果，非常少出现3由此可知 DFI意外事件。这种注记里不一的成因注记明该客运站的结果统计资料数据即可大幅度研究。另一方面，TSS #2的4个起始站结果与其它偏远地区相一致。

这个简单的结果相对注记明，当从特定结果研究整体TCGA的伤寒理统计资料数据时，必即可顾虑TSS的颇实际资讯。由于年纪、分期/分级及用药等状况影响基本上相同TSS患伤寒老年人的起始站结果，TSS可以不作为这些和不基本上伤寒理注释等其它未有测量反之亦然别的替代。

潜在的相异状况、恶性竞争结果的

似乎会及三维也就是说

对伤寒理存活起始站研究来说，建言运用于所处理事件的全部伤寒理统计资料数据。但相对小分子/基因序列统计资料数据的构建研究，要请注意两个方面。首先，力荐意见基于孔径存活三维，以小分子亚型不作预测因子划分抽样集，有似乎破坏结果统计资料的微小性反之亦然别。因此，从互为关联的TCGA小分子统计资料数据或亚型TCGA-CDR结果统计资料数据中的推论的推论即可在单一的统计资料检索中的大幅度证实。

第二，我们建言非常少运用于原发的小分子统计资料数据，因为伤寒症初诊时，最重要时近资讯等给定的伤寒理统计资料数据已搜罗相对来说完整。毛发肠胃癌（SKCM）在TCGA多种类型中的非常特殊，470由此可知中的非常少103由此可知原发，其余296由此可知为原发局部肺部转回，68由此可知远端转回。这与很少搜罗到转回结节的其它TCGA肠胃乳癌多种类型形成鲜明对比。SKCM转回结节很少带有给定的原发，而其它TCGA肠胃乳癌多种类型尽管很少有转回结节，但都带有给定的原发抽样。因此，对于SKCM结果的表征，建言只运用于有限数量的原发伤寒由此可知，尽管SCKM肺部转回的III期伤寒由此可知可不作为单一组群顺利完成研究者。

在运用于新构建的TCGA-CDR统计资料检索时，还必即可请注意：潜在误读状况、恶性竞争结果的似乎会及三维也就是说。

相异状况

相异状况依赖于但被排除在三维之除此以外时，偏反之亦然似乎高估或低估想像。如在乳腺肠胃癌的种族反之亦然别研究者中的，白人与黑人伤寒症之近依赖于最重要的基因注记达反之亦然别，然而根据小分子亚型顺利完成调整后，这种反之亦然别微小降低甚至消失。治果也是潜在的相异状况，当资讯可得到时应适当顾虑调整。用药未有知时，年纪、就诊医院及临床年月等准则用药不作为替代资讯能降低大多误反之亦然。对这方面的决策仿真，借此运用于标志物临床表现研究者建言报告（REMARK）。

恶性竞争结果的似乎会

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对很难经历最重要意外事件且无伤寒的死亡伤寒症顺利完成审查。在这种情形，如果也就是说伤寒症很难其它自杀身亡，那她/他最终仍似乎死于肠胃乳癌指征。然而，在估算用药等预测因子对继发性肠胃乳癌或心血管营养不良等非百分比肠胃乳癌死亡似乎会的预测并能时，该也就是说并不可取。

三维也就是说

系统设计Cox比由此可知似乎会（PH）三维很难检查PH也就是说。都有案由此可知除此以外，大多数三维都受限制Cox PH也就是说，但即可大幅度聚焦这些医护人员以找出违抗也就是说的诱因，从而对HR做到出更精确的估算。尽管仍未有为清理统计资料数据和应对原因回报了庞大努力，但仍依赖于最重要的运用于允许，出访TCGA伤寒理统计资料数据都很难了解这些允许。

首先，TCGA主要是为小分子研究者设计，最初伤寒由此可知为了让来自多个行政部门带有合适库存组织的未有用药原发伤寒由此可知，因此这些伤寒由此可知不构成连续性。此除此以外，对于每种基本上相同多种类型/研究者，随访统计资料数据很难标准化搜罗。同时，伤寒理统计资料数据搜罗的一些的系统在即使如此不得已随着时近的很短而改变。TCGA - CDR不还包括肠胃乳癌用药文化史，并非所有伤寒由此可知都被注释。因此，研究特定多种类型或亚型的用药背景高于概况性泛肠胃癌研究。当伤寒症顺利完成颇实际用药时，受益能用DFI和PFI起始站有效研究。

其次，TCGA抽样伤寒理随访根据当地公立医院的时近注记，似乎为营养不良或特定部位的患和伤寒人最重要生命状态的记录，因此很难TCGA指定的伤寒理随访计划，非常少说明了项目主要阐释的小分子构造。

最后，几乎所有TCGA赢取的抽样和基因序列及小分子统计资料数据来自新诊伤寒症原发的单个外皮，由此产生的基因序列和小分子统计资料数据很难在空近或时近任何方面明确捕获代注记另一伤寒症结果函数的反之亦然别性。该原因不是TCGA独有的，任何静态原发性研究者都依赖于。

展望

这项工不作是文化史上第一次新一轮系统地处理事件TCGA泛肠胃癌伤寒理详细资料。由此产生的TCGA-CDR的结果起始站与单一非TCGA研究者结果相一致，说明该天然资源在空前影响力也的伤寒理尺度上共计享了生物观测新视角。也要认识到TCGA-CDR的内在运用于局限性及关键性指导和力荐意见。仍未有非常明晰，人类营养不良未有来大影响力也的小分子研究者很难系统地搜罗伤寒理伤寒理、用药和原于意外事件统计资料数据，以坚用者最高准则的伤寒理研究者。尽管有其局限性，TCGA-CDR共计享了准则化统计资料检索，以及模糊不清的4个伤寒理结果起始站假设，并应对了能量密度原因，从而在泛肠胃癌和性状水平上顺利完成转化研究者。未有来统计资料数据研究者的融入将提高结果之近的可比性，较好地解释和反对重复。

以下内容

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics